Als Naturaquarium, auch Japanisches Naturaquarium genannt, werden die Süßwasseraquarien bezeichnet, bei denen Aquarienpflanzen mindestens eine ebenbürtige Rolle zu den im Aquarium gepflegten Fischarten innehaben. Ziel des Aquarianer ist es, unter Verwendung von aquarientauglichem Dekorationsmaterial wie Moorkienwurzeln und Steinen landschaftsähnliche Räume zu schaffen. Trotz des etwas irreführenden Namens handelt es sich nicht um ein Biotop-Aquarium. Wesentlich geprägt wurde dieser Zweig der Aquaristik durch den japanischen Fotografen und Aquarianer Takashi Amano.

Typisch für die Bepflanzung eines Naturaquariums ist eine weitläufige und dichte Bepflanzung des Vordergrundes mit kleinbleibenden Aquarienpflanzen. Dies verschafft dem Aquarium eine gewisse optische Tiefe. Der freie Raum im Aquarium ist ein zentrales Gestaltungsmittel und wird stark betont. Amano verwendet generell sehr weiches, karbonatarmes Wasser mit geringer Nitrit- und Nitratkonzentration. Die Seitenwände sind fast immer frei von Dekoration. Auf der Rückseite des Aquariums wird häufig eine schwarze oder tiefblaue Folie aufgeklebt.

Die Abgrenzung zum Holländischen Pflanzenaquarium ist schwierig. Im Holländischen Pflanzenaquarium werden die Pflanzen einem Gartenbeet vergleichbar im Aquarium eingesetzt. Generell werden viele unterschiedliche Pflanzen gepflegt. Ein Naturaquarium kann dagegen beispielsweise aus einer „Wiese“ grasartiger Schwertpflanzen oder kurzgehaltenem Javamoos bestehen, aus dem eine Holzwurzel wie ein Baum hervorragt. Andere typische Pflanzen im Japanischen Naturaqaurium sind Zungenblatt, Teichlebermoos und Nadelsimse.

Beide Aquarientypen sind wegen der großen Rolle, die Aquarienpflanzen hier spielen, auf eine Kohlenstoffdioxid-Düngung angewiesen.